我的研究位于植物分子系统，分子演化和比较基因组学领域。我对多倍体的起源和演变特别感兴趣，这是一种关键过程，通过多轮全基因组重复和代款来形成所有开花植物的基因组。
与我的其他研究兴趣相交的兴趣与我的其他研究兴趣相交。其中是豆类家族（Leguminosae，Fabaceae）的系统性和演化，第三大花卉植物家族以及巨大的经济和生态重要性，因为它具有与能够将大气氮的细菌结合成可用的形式植物。关于在豆类和其他家庭中演变的如何以及何时和当豆类和其他家庭发育的问题以及进化新颖性的发电机的发电机，可能会发挥作用的原因或细化的发电机的问题存在疑问。
在豆类内，我的大部分职业生涯都花在了解属的关系中甘氨酸，这不仅包括年度大豆及其东亚野生祖祖母，而且还包括一组常年物种，澳大利亚原产多数，其中偏远地区的新收藏与系统发育和系统发育学习研究继续识别新物种。多年生甘氨酸还包括一个广泛的全多肽综合体，这些复合体的多倍细物种与澳大利亚千里数千英里的殖民化岛屿，表现出许多多倍体的典型侵犯。
研究甘氨酸Allopolyploid“Triads”（多倍体及其两个二倍体祖细胞）阐明了它们更大的光合容量，光照学和增强的旋转的分子支撑性。随着基因组倍增，和杂交与基因组翻倍甘氨酸由于起源以来，AllopolyPloids已经有大约30万年来分歧，使得难以确定他们的进化是由于基因组，本身增加了多少。
为此，在实验室合成的自动化倍数非常繁多，我已经参与了使用模型工厂的几项研究，拟南芥蒂利亚纳。除其他外，这些研究表明，这种细胞和核尺寸在多倍化时增加，但是核尺寸不控制细胞尺寸，并且细胞质相互作用和剂量应对通过多倍体复制的基因的保留或丧失的剂量反应发生在立即发生基因组加倍。最近，我参与了使用单细胞方法研究多倍体的研究。
选定的期刊文章
Bombarely A.， J. E. Coate, J. J. Doyle, 2014。挖掘转录组数据，研究植物异源多倍体复合体的起源和进化。PeerJ 2: e391;DOI 10.7717 / peerj.391
Cannon, S. B., M. R. McKain, A. Harkess, M. N. Nelson, S. Dash, M. K. Deyholos, Y. Peng, B. Joyce, C. N. Stewart Jr., M. Rolf, T. Kutchan, X. Tan, C. Chen, Y. Zhang, E. Carpenter, G. K-S. Wong, J. J. Doyle, and J. Leebens-Mack. 2015. Multiple polyploidy events in the early radiation of nodulating and non-nodulating legumes. Molecular Biology and Evolution 32:193-210 (first published online October 27, 2014. doi: 10.1093/molbev/msu296
Cyate，J. E.和J. J. Doyle。2015.转录组大小的变化：我们收到消息吗？染色体瘤124：27-43 DOI：10.1007 / S00412-014-0496-3
Cyate，J.E.，M. Schreyer，D. Kum和J. J. Doyle。2020。初生拟南芥中的强大转录性核心核协调多倍体。11：134;DOI：10.3390 / GENES11020134。
Doyle，J. J. 2016.追逐Unicorns：Nodulation起源和新奇的悖论。美国植物学学报103：1865-1868DOI：10.3732 / AJB.1600260。
Doyle，J. J.和J. E. Coate。2019年。多倍体，核肉和新奇：基因组加倍对细胞生物学的影响。国际植物科学杂志180：1-52。DOI：https://doi.org/10.1086/700636
Doyle，J. J.和J. E. Coate。2020. AutopolyPLoidy：表观遗传巨大。美国植物学杂志。https://doi-org.proxy.library.cornell.edu/10.1002/AJB2.1513
Doyle，J. J.和S. Sherman-Bloyles。2017.双重麻烦：分类和多倍体的定义。新植物学家213：487-493。DOI：10.1111 / NPH.14276。
Griesmann, M., Y. Chang, X. Liu, Y. Song, G. Haberer, M. B. Crook, B. Billault-Penneteau, D. Lauressergues, J. Keller, L. Imanishi, Y. P. Roswanjaya, W. Kohlen, P. Pujic, K. Battenberg, N. Alloisio, Y. Liang, H. Hilhorst, M. G. Salgado, V. Hocher, H. Gherbi, S. Svistoonoff, J. J. Doyle, S. He, Y. Xu, S. Xu, J. Qu, Q. Gao, X. Fang, Y. Fu, P. Normand, A. M. Berry, L. G. Wall, J-M. Ané, K. Pawlowski, X. Xu, H. Yang, M. Spannagl, K. F. X. Mayer, G. Ka-Shu Wong, M. Parniske, P-M. Delaux, S. Cheng. 2018. Phylogenomics reveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis. Science. DOI: 10.1126/science.aat1743.
Harbert，R.，A.，A.H.D·棕色和J. J. Doyle。2014. AllopolyPloidy，气候利基造型，以及进化的“成功”甘氨酸（豆科植物）。美国植物学杂志101：710-721。
鲍威尔，A. F.和J. J. Doyle。2016年。增强了所有多肽物种中的根瘤菌共生能力甘氨酸（Leguminosae）。美国植物学杂志103:1771-1782。
鲍威尔，A. F.和J. J. Doyle。2017年，与二倍体血管多倍体中具有根瘤菌接种的非添加性转录组反应。基因8：357。DOI：10.3390 / GEAES8120357http://www.mdpi.com/2073-4425/8/12/357/12/357/htm.
Robinson，D.O.，J.E.Coate，A.Singh，L. Hong，M. Bush，J.J.Dyyle和A.H.K.K.H.K.K.H.K.H.K.K.H.K.H.K.K.H.K.H.K. roeder。2018年拟鳞型萼片中的倍增性和大小。植物细胞30：2308-2329。DOI：10.1105 / TPC.18.00344。
Sherman-Bloyles，S.，A.致以致法的，J. J. Doyle。2017年。表征大豆野生亲属中的所有多元化物种：减少代表性基因分型方法的效用。系统性与演化杂志55：365-376。DOI：10.1111 / JSE.12268
宋，M.J.，B.波特，J.J.Dyyle和J. E. Coate。2020。基因平衡预测立即在拟南芥变化后立即进行转录响应。植物细胞32（5）：1434-1448。DOI：10.1105 / TPC.19.00832。
Sousa，F.，Y.J.K.Bertrand，J. J.Doyle，B.Oxelman和B. E.Pfeil。2017年。利用基因组定位和膨胀模拟来调查基因树的荣誉Medicago.L.系统生物学66：934-949。DOI：10.1093 / sysbio / syx035
Van Velzen，R.，J. J.Doyle和R. Geurts。2018年复苏情景：单一增益和氮素定影瘤的大规模丧失。植物科学趋势24：49-57。DOI：10.1016 / J.TPLANTENT.2018.10.005
