Van Wijk Lab的研究分为两个主要主题:
- 通过线粒体和叶绿体中的蛋白水解系统的协调作用控制细胞内蛋白稳态稳态(称为蛋白质)。Key questions are the identification of degrons (i.e. the recognition signals/information within mitochondrial and chloroplast proteins that are recognized by different proteases) in particular N-degrons, coordination/integration of protease activity with the metabolic state of the organelles and cells, and integration of protease activities (i.e. protease networks).
- 脂肪微室(PG)在叶绿体中的作用,以坐标细胞片新陈代谢。关键问题是PG如何协调不同的代谢过程和途径。例如,我们观察到,对于几种PG局部化ABC1kinases的空突变体缺乏淀粉的积累,并具有修饰的异戊二烯代谢物谱和条件表型。
We are solving these biological questions through an interdisciplinary approach including molecular genetics, protein biochemistry, X-ray crystallography (through collaboration), mass-spectrometry-driven proteomics and metabolomics, as well as in silico systems analysis (e.g. mRNA-based co-expression networks). To support the proteomics workflow, the van Wijk lab has in-house mass spectrometers, an in-house Plant Proteome Data Base (PPDB) seamlessly connected to our in-house MS-data analysis pipeline; graduate students and postdocs are trained in MS and collectively maintain our instrumentation.
外展和延伸重点
外展专注于数量植物生物学和生物化学的多学科培训,以及本科,毕业生和博士后水平的生物信息学和统计数据。通过成功的夏季实习NSF赞助植物基因组,我们涉及我们研究中代表性群体的本科生。
教学焦点
范亲克的课堂教学专注于植物生物化学(BIOPL462),植物基因组学工具和技术(BIOPL641)和植物蛋白质组学和质谱(BIOPL482 / 483系列)。此外,范维克经常参与植物基因组学的研讨会,通常教授蛋白质组学和质谱。在本科,毕业生和博士后水平上发生的研究咨询,并导致多学科研究的培训,目的是了解塑性分化和蛋白质稳态术/蛋白水解。
期刊出版物
谷歌学者个人资料和出版物。
介绍和活动
- 丙骨蛋白蛋白质成熟和降解拟南芥。N-END规则途径会议。2017年9月。蛋白质网络。哈勒,德国。
- 蛋白质组学和质谱法理解植物叶绿体生物学的方法和贡献。墨西哥蛋白质组学学会的第7次研讨会|基于大众化光谱法的OMIC。2017年9月。Hupo。瓜达拉哈拉。
- 拟南芥中的塑性蛋白生命周期和体液肽酶网络。戈登叶绿体生物技术会议。2017年1月GRC。Ventura,CA。
- 叶绿体中的蛋白质成熟和蛋白水解。美国植物学会生物学家:ASPB 2016。2016年7月。奥斯汀,德克萨斯州。
- 叶绿体蛋白成熟和N-末端稳定性。戈登叶绿体生物技术会议。2015年1月。GRC。Ventura,CA。