1850万美元赠款用于促进全球主食的育种

阿曼达·加里斯2004年博士著

苏珊McCouch
苏珊McCouch

为了简化小麦、水稻、玉米、高粱和鹰嘴豆这五种主要作物的育种工作,比尔和梅林达·盖茨基金会已经为康奈尔大学的一个项目提供了1850万美元的资助,该项目将模块化、开源的育种软件资源交付给发展中国家的植物育种家。

“这是育种史上的一个重要时刻,基因组进入了应用植物改良的核心,”植物育种和遗传学教授、该项目首席研究员苏珊·麦可奇(Susan McCouch)说。“我们最终可以使用全基因组的方法,利用世界上不同物种和地区共享的工具,实时模拟植物的表现。”

基因组和开源育种信息学计划(GOBII)瞄准了基因组学时代带来的障碍:大数据。据麦可说,在由全球15个研究中心组成的CGIAR(国际农业研究giar)管理的育种项目中,数以百万计的数据点正被积累起来,这些数据来自数十万个新的选育品系(新品种的基础)。这些中心正在用基因图谱(基因型)以及育种者对性状(或表型)的观察数据填充数据库,这些数据将决定下个世纪的收成。这些数据库将包括关于抗旱性、抗病性和产量的信息。

“没有人能处理这么多数据。大量的表型和基因型数据对大多数公共部门的育种计划来说是压倒性的。”
McCouch说。“在这个项目中,我们认为自己是后台办公室。这笔赠款使我们得以继续这个本质上是一个服务项目,开发并向世界各地的公共部门育种者提供有用的工具和信息。”

GOBII将把软件工程师和遗传学家与CGIAR在墨西哥、印度和菲律宾的三个中心的植物育种家聚集在一起。伊萨卡的合作者包括植物育种和遗传学教授Mark Sorrells;Lukas Mueller博伊斯汤普森研究所副教授;计算生物学服务单位高级研究员孙琪;以及美国农业部农业研究服务处的遗传学家Ed Buckler和Jean Luc Jannink。

他们将共同开发数据库和软件工具,使育种者能够从头到最后使用基因组信息,从确定不同农民的需求,到开发分析工具,帮助育种者在育种品系中进行选择,并最终将这些新工具整合到CGIAR各中心使用的现有信息系统中。

“我们希望做的是帮助育种者更有效地进行选择,利用基因组学消除育种价值低下的育种品系,并增加找到他们想要的东西的可能性,”McCouch说。“最终,我们的目标是提高发展中国家的小农从基因组学应用于植物育种的进展中受益的速度。”