必须保护和改善莫霍克河流域的水质，以保护人们免受健康危害，保护饮用水供应，使水生社区蓬勃发展，并维持自然进程。自20世纪70年代初以来，莫霍克河流域的水质监测一直是DEC全州环境水质监测计划的一部分。地表水质量评价采用化学、生物和化学等方法
物理参数。水质评估可以确定存在哪些污染物，它们的来源，以及它们对流域健康的影响程度。尽管该项目已对该流域的许多次流域进行了监测，但仍有大量溪流、河流和湖泊未得到评估。
莫霍克河的源头位于阿迪朗达克山脉的西南角。在这一地区，酸雨加上水的低缓冲能力，增加了一些污染物的有效性，如铝和汞，并产生了低pH值的水。虽然沉积物的运输是一个与河流系统演变有关的自然过程，但土地利用和人类活动(如农业、住宅和商业开发)、不透水表面覆盖的增加、河岸缓冲区植被的清除以及糟糕的道路沟渠、桥梁和涵洞设计都会极大地增加运输的沉积物量。过多的沉积物会限制光线的穿透，降低水生生物的生存能力，并影响下游更原始的水域，从而对河流的生态健康产生不利影响。河床沉积物堵塞了莫霍克主干河支流的河口和接收水域，必须进行疏浚以保持河道运输和航行深度。自20世纪50年代中期以来，美国地质调查局(USGS)一直在定期收集莫霍克河口的悬浮沉积物数据。它的数据表明，莫霍克人每年出口约50万吨悬浮沉积物。美国地质调查局最近进行的一项为期4年的研究表明，莫霍克流域悬浮沉积物的产量是上哈德逊流域的2.8倍(48.3公吨/公里vs 17.3公吨/公里)2)就在它与莫霍克的交汇处。
与气候变化相关的水温升高和极端天气增加预计将导致分层、营养负荷、浑浊和富营养化的强度和持续时间更大。这些条件将增加有害藻华的风险，并可能影响饮用水质量和废水处理厂的功能。